Το όνομα αυτό πήρε στα μέσα του περασμένου αιώνα η ανώτερη ελληνική σχολή που λειτουργούσε από παλιότερα χρόνια στην Κωνσταντινούπολη κάτω από την αιγίδα του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Κατά την παράδοση, ιδρυτής της σχολής ήταν ο πρώτος μετά την Αλωση πατριάρχης Γεννάδιος ο Σχολάριος, οι σχετικές ιστορικές μαρτυρίες όμως είναι αβέβαιες. Η πρώτη ρητή μνεία πατριαρχικού σχολείου ανάγεται στα μέσα του 16ου αι. τότε ο πατριάρχης Ιωάσαφ Β’, με χρηματική χορηγία του τσάρου Ιβάν του Τρομερού, ίδρυσε μια σχολή «κοινών γραμμάτων» στο πατριαρχείο και προσέλαβε ένα δάσκαλο, που φαίνεται ότι ήταν γνωστός, ο λόγιος Ιωάννης Ζυγομαλάς. Στο επίπεδο αυτό της στοιχειώδους εκπαίδευσης λειτούργησε η σχολή ως τις αρχές του 16ου αι. με κυριότερους δασκάλους το Συμεών Καβάσιλα και το Φραγκίσκο Κόκκο. Σε επίπεδο ακαδημίας ανέβασε τη σχολή η εκεί διδασκαλία (1624 – 1628) του μεγάλου αριστοτελικού φιλοσόφου Θεόφιλου Κορυδαλλέα, γύρω από τον οποίον μαζεύτηκαν γρήγορα εκατοντάδες νέοι που διψούσαν για ανώτερη μόρφωση. Η αντίδραση όμως που ξεσήκωσαν οι φιλελεύθερες ιδέες του δασκάλου κι οι αντιθέσεις γύρω από τον προστάτη του πατριάρχη Κύριλλου Λούκαρη είχαν σοβαρό αντίκτυπο στη λειτουργία του ιδρύματος. Για τρεις δεκαετίες η σχολή πέφτει σε παρακμή, την οποία μάταια προσπάθησε να ανακόψει ο ανήσυχος μαθητής του Κορυδαλλέα Ιωάννης Καρυοφύλλης, που κι αυτός με τη σειρά του έγινε στόχος νέων αντιδράσεων. Το 1662 αναδιοργανώνεται ριζικά η σχολή, αποκτά δικό της οίκημα καί σταθερούς οικονομικούς πόρους χάρη στη γενναία χρηματική χορηγία του πλούσιου εμπόρου Μανολάκη του Καστοριανού. Προσλαμβάνονται τρεις δάσκαλοι που διδάσκουν αντίστοιχα τρεις κύκλους μαθημάτων: τα «κοινά γράμματα», την «κυκλοπαιδείαν» (γραμματική, ρητορική, λογική) και ανώτερα μαθήματα θεολογίας και φιλοσοφίας. Από τους δασκάλους του τελευταίου αυτού κύκλου διακρίθηκε ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο λεγόμενος εξ Απορρήτων, μετά την αποχώρηση του οποίου (1672) η σχολή άρχισε και πάλι να φυτοζωεί. Στο επίπεδο αυτό – γυμνασιακό θα λέγαμε σήμερα – συνέχισε η σχολή να λειτουργεί ώς τις αρχές του 19ου αι. Από τους δασκάλους που διακρίθηκαν κάπως στην περίοδο αυτή αξίζει να μνημονεύσουμε – με χρονολογική σειρά – το Σεβαστό Κυμινήτη, τον Αντώνιο Σπαντωνή, τον Ιάκωβο Αργείο ή Μάνα, τους Λεσβίους Δωρόθεο και Τζαννή, τον Κριτία, το Χρύσανθο Αιτωλό και το Σέργιο Μακραίο. Ολοι τους σχεδόν ήταν γραμματοδιδάσκαλοι παλιού τύπου και δεν μπόρεσαν να δώσουν νέο σφρίγος στη σχολή, την οποία από τα μέσα περίπου του 18ου αι. είχαν ξεπεράσει σε φήμη, σε φιλόκαινο πνεύμα, σε ευρύτητα διδακτικού προγράμματος και σε αριθμό μαθητών οι σχολές των Ιωαννίνων, της Χίου, των Κυδωνιών κ.ά.
Οι ανακαινιστικές προσπάθειες των πατριαρχών Καλλίνικου Β’ το 1691, Σεραφείμ Β το 1760 και οι κατά καιρούς χρηματικές χορηγίες των ηγεμόνων της Μολδοβλαχίας δεν είχαν αποτέλεσμα. Η μετάκληση ενός σοφού και μεγάλου δασκάλου το 1759, του Ευγένιου Βούλγαρη, που θα μπορούσε να ανανεώσει και να εκσυγχρονίσει τη σχολή, προσέκρουσε σε αντιδράσεις. Μετά την ένταση του κινήματος του ελληνικού διαφωτισμού, την έμφαση που έδωσαν στις φυσικές επιστήμες διάφοροι λόγιοι που είχαν σπουδάσει στη Δύση, και ιδίως μετά τη Γαλλική Επανάσταση (1789) και την εισροή των «νέων ιδεών» στον ελληνικό χώρο, οι δάσκαλοι της πατριαρχικής σχολής και γενικά η ηγεσία της Κωνσταντινούπολης συσπειρώθηκε για να αποκρούσει τον «εξ Εσπερίας» κίνδυνο, μένοντας έτσι έξω από το κλίμα της πνευματικής αναγέννησης του ελληνισμού. Μόλις από τα μέσα του 19ου αι. ξαναβρήκε η σχολή τον ηγετικό της ρόλο κι άρχισε να προσφέρει και πάλι πραγματικά μεγάλες υπηρεσίες στο Γένος κάτω από την καθοδήγηση φωτισμένων πατριαρχών, όπως ο Ιωακείμ Γ’ (1878 – 1884, 1901, 1912), στον οποίο κυρίως οφείλεται η ανέγερση του νέου μεγαλόπρεπου κτιρίου της σχολής (1882), το πρόγραμμα των μαθημάτων πλουτίστηκε, ώστε η σχολή να πάρει το μεικτό χαρακτήρα γυμνασίου και παιδαγωγικής ακαδημίας συγχρόνως,. Έτσι οι απόφοιτοι της σχολής τοποθετούνταν αμέσως ως δάσκαλοι στα σχολεία των ελληνικών κοινοτήτων όλης της Τουρκίας, από την Ήπειρο ώς την Ανατολική Ρωμυλία κι από τις μικρασιατικές ακτές ώς τον Πόντο και την Καππαδοκία. Τις μεγάλες αυτές εθνικές υπηρεσίες εξακολούθησε να προσφέρει η σχολή ως το 1923. Από τότε ελέγχεται από το τουρκικό υπουργείο της παιδείας. Σήμερα λειτουργεί ακόμα στο ίδιο οίκημα ως μειονοτικό ελληνικό γυμνάσιο (Φενέρ Ρουμ Λισεσί).
